Malgré maintes recherches, il existe aujourd’hui peu de traces des instruments datant d’avant la période de 1850. Seules informations, l’existence d’un orgue en 1600, d’un deuxième en 1778 réparé en 1806 et d’un troisième datant de 1810 réalisé par les facteurs d’orgues François Borme et Charles Gazeau pour 3.578 francs.
C’est en 1855 que la construction d’un orgue de choeur est confiée à la maison Cavaillé-Coll (13.000 francs pour l’orgue, 3.500 francs pour le buffet). Un complément de financement de 2.500 francs est affecté pour en faire un grand orgue en 1856. Ce nouvel instrument fut réceptionné le 24 février 1857 par la Commission nommée par Monsieur Jordany, évêque de Fréjus et le Préfet du Var.
“Harmonisation par Vincent Cavaillé-Coll (qui ne mesura pas son temps) aussi remarquable par la finesse, le piquant, l’éclat incomparable dans le détail que par l’art avec lequel chaque timbre concourt, en s’y fondant, à un ensemble d’une noblesse et d’une puissance surprenantes. Au début du siècle, certains travaux auxquels je demeurai étranger, parce que j’avais des raisons de ne pas approuver, apportèrent à l’orgue quelques modifications dont l’ajout d’une voix céleste. Heureusement la qualité sonore réalisée par Vincent Cavaillé-Coll ne fut en rien altéré.”
C’est de la restauration de 1926 que date l’orgue actuel. La console fut établie dans les ateliers de la maison Cavaillé-Coll, avenue du Maine, sous la surveillance de l’abbé Sayou et de la mienne. Pour la mise en harmonie, elle fut réalisée, sur ma demande expresse, par Mertz qui vient passer plus de deux mois d’été à Fréjus et qui accomplit, la plupart du temps moi-même aux claviers, un travail soigneusement inspiré de celui de Vincent Cavaillé-Coll et, de tous points, digne de lui.
Jusqu’en 1939, l’instrument fut entretenu régulièrement. En 1944, la cathédrale fut bombardée et ouverte aux vents et à la poussière. En 1951, la foudre tombe sur l’église, le câble du paratonnerre s’étant trouvé débranché par négligence d’ouvriers des Monuments Historiques qui, dans la journée, effectuaient des travaux.
C’est en 1962, lors des travaux de restauration de la cathédrale, que l’instrument fut descendu de sa tribune et entreposé négligemment dans un coin de l’édifice durant des années. Au fil des années, les éléments qui composaient l’orgue se sont dégradés et, pour beaucoup d’entre eux, ont disparu.
En 1962, la Commission des orgues se réunit et choisit la maison Gonzalez pour la reconstruction d’un instrument. L’architecte en chef des Monuments Historiques, monsieur Colas, est chargé du dessin du buffet. Le montant des travaux s’élève à 130.000 francs. L’inauguration eut lieu en 1967.
Au début des années 1980, devant l’état déplorable de l’instrument, une action a été engagée par la Paroisse et l’association Gustave Bret, auprès de l’Etat pour envisager une nouvelle construction. Après un travail d’expertise et d’étude réalisé par monsieur Decavèle, technicien-conseil agréé, missionné comme expert-organier de la Direction de la Musique, ce projet fut proposé et approuvé par la Commission nationale des orgues en mai 1986.
Le facteur Pascal Quoirin fut désigné par la commission d’appel d’offres pour réaliser cet ouvrage. Après plus de deux ans de travail dans les ateliers de messieurs Quoirin et Loriaut, le montage a débuté en septembre 1991 pour une réception fin novembre.
Afin de pallier l’absence de grand orgue dans la cathédrale pendant la construction de l’orgue Quoirin, un petit orgue construit par Jean-François Dupont a été acheté par l’association Gustave Bret. Il a été transféré dans la chapelle Saint-François de Paule à Fréjus où il est toujours actuellement.